南兖州，是东晋政权为安置北方南迁移民而设立的侨置州郡。晋元帝永嘉之乱后，北方兖州、青州及徐州北部（淮水以北）移民大规模南迁。东晋政权为安置士族大户及流民群体，在京口设立侨州，并沿用“兖州”旧称。侨置政策既维系了南迁士族政治地位，亦为安置南下士族 。

晋明帝太宁年间（323-325年），郄鉴任兖州刺史，寄治广陵（今江苏江都东北）。孝武帝太元年间（376-396年），南兖州定治广陵。南兖州辖区以江淮地区为核心，鼎盛时期领十四郡，涵盖今江苏中部、安徽东北部。

南朝时期，西兖州治滑台，东兖州治瑕丘，南兖州治广陵，形成“三兖州”格局。形成了侨置州郡，与实土州郡并存的特点。

南兖州治所迁涉颇繁，420-431年，治京口；431-451年，治广陵；451-453年，治盱眙；453-479年，治广陵。其辖区也变动不己，永初元年（420年），省南青、并州并入南兖州。元嘉八年（431年）六月己卯，始割江淮间为境，治广陵。（江北为南兖州，江南为南徐州）元嘉八年（431年）八月丁未，割豫州秦郡属南兖州。元嘉二十八（451年）年，南兖州徙治盱眙。元嘉三十年（453年）正月，省南兖州并入南徐州；六月，复立，还治广陵。大明五年（461年），以东平郡并入广陵郡。又侨立新平、北淮阳、北济阴、北下邳、东莞五郡。泰始七年（471年）四月甲辰，于南兖州置新平郡。泰始七年（471年）十二月丁酉，分豫州、南兖州立南豫州。元徽元年（473年）十月癸酉，割南兖州之钟离、豫州之马头，又分秦郡、梁郡、历阳置新昌郡，立徐州。

历任南兖州刺史有：

檀道济（422-426年）

刘义欣（426-430年）

刘遵考（431年）

刘义宣（431-432年）

刘义恭（432-440年）

刘义庆（440-444年）

刘义宗（444年）

刘诞（444年）

刘义季（444-445年）

刘义宾（446-447年）

徐湛之（447-449年）

刘浚（449-451年）（南徐、南兖二州刺史）

刘骏（451年）

刘义恭（451-452年）

沈庆之（453-455年）

刘延孙（455年）

檀和之（455-456年）

刘子尚（456年）

刘休仁（456-457年）

刘诞（457-459年）

沈庆之（459-460年）

刘子勋（460-463年）

刘子仁（464-465年）

刘祗（466年）

刘休范（466年）（南徐、南兖二州刺史）张永（466年）

刘景素（466年）

沈攸之（467-468年）

刘韫（468年）

萧道成（468-471年）

沈怀明（471-473年）

张永（474年）

萧道成（474-477年）

李安民（477-478年）

黄回（478年）

萧映（478-479年）

侨置州郡的设置，使侨民以宗族为单位形成屯聚组织，开发江南荒地。屯封制度的推行，使大姓豪族掌控大量依附民与土地，推动土地开发并衍生出新型土地制度，形成百姓依附大姓或屯封的现象。这种土地制度加速了南方地主经济的发展，促使基层聚落“邨”的广泛出现。侨置政策客观上促进南北文化融合，南兖州地区成为保留中原礼俗的重要区域。但屯封制度也导致地方豪强势力膨胀，为南朝士族门阀政治奠定经济基础 。