南朝刘宋初年，刘裕平河南，于滑台置兖州。元嘉十三年（436年），治邹山，又寄治彭城。元嘉二十年（443年），省兖州，分郡属徐、冀州。元嘉三十年（453年）六月复立，治瑕丘。大明元年（457年）八月戊戌，于兖州立阳平郡。泰始二年（466年）失淮北，侨立兖州，寄治淮阴。

刘宋历任兖州刺史

徐琰（422年）

竺灵秀（430年）

郑顺之（423年）

申宣（431年）

徐遵之（431-433年）

王懿（王仲德）（433-436年）（徐、兖二州刺史）

王方俳（436-438年）

刘遵考（438年）（徐、兖二州刺史）

赵伯符（438-441年）（徐、兖二州刺史）

臧质（441-444年）

徐琼（444-448年）

刘骏（448-451年）（徐、兖二州刺史）

萧思话（451-452年，453年）（徐、兖二州刺史）

徐遗宝（453-454年）

夏侯祖欢（夏侯祖权）（454年）

申坦（454-456年）（徐、兖二州刺史）

垣阆（457年）

《宋书·》（孝武帝纪、垣护之传、刘诞传）皆作兖州刺史，有观点认为，垣阆此时应为南兖州刺史，其可能据刘诞传“……上将诛诞，以义兴太守垣阆为兖州刺史，配以羽林禁兵，遣给事中戴明宝随阆袭诞，使阆以之镇为名。阆至广陵，诞未悟也。……”此段中“以之镇为名”推出，但垣阆之镇兖州路过广陵亦在合理范围内。今从宋书。

夏侯祖欢（夏侯祖权）（457-458年）

沈僧荣（458-465年）

薛安都（465年）

殷孝祖（465-466年）

申纂（466年）

毕众敬（466年）

王整（466-467年）

崔平（467年）

周宁民（467年）

刘休宾（467-468年）

崔公烈（469年）

李灵谦（469年）

孟次阳（469年，473年，474年）（本纪载三次为兖州）

吕安国（474-477年）

《宋书》本纪，记载为元徽二年为兖州刺史。《南齐书》吕安国传，记载为元徽三年。应是三年方到任。

李灵谦（477-478年）

垣崇祖（478-479年）